Hoechst染色：hoechst可以穿過活細胞膜與細胞核結合有hoechest33342和hoechst33258兩種（主要為凋亡活細胞）在紫外光下將核染為藍色。Hoechst染細胞核會影響共聚焦顯微鏡對該樣本其他熒光的觀察效果。hoechsthoechsts33258，hoechst33342二者區別不大，但是hoechst33342對細胞的毒性作用更小一些，所以一般來說hoechsts33258用于細胞固定后再染色，而hoechst33342則可以對活細胞直接進行染色！染色步驟

PI（PropidiumIodide碘化丙啶）染色：是一種可對DNA染色的細胞核染色（PropidiumIodide，PI）是一種核酸染料（紅試劑，常用于細胞凋亡檢測。碘化丙啶色），它不能透過完整的細胞膜，但凋亡中晚期的細胞和壞死細胞由于細胞膜通透性的增加，PI能夠透過細胞膜而使細胞核染紅。

用PI單一染色觀測培養細胞，只能表示細胞的壞死情況，而不是凋亡（當然晚期凋亡PI亦可著色）。但是如果您只是想知道細胞的死亡情況，而不是仔細區分壞死或凋亡，那么PI單一染色也可以。但是如果您一定要認定細胞的凋亡，那么PI單一染色顯然不夠！

annexin-v染色細胞凋亡早期，細胞膜標志發生改變。其中，磷脂酰*（Annexin-V，PS）外翻，Annexin-V在Ca²⁺存在的條件下與其高親和力特異性結合。這樣，Annexin-v染色陽性，表示細胞處于早期凋亡狀態。Annexin-V結合不同的熒光抗體，就可以利用流式細胞儀、熒光顯微鏡以及共聚焦激光掃描顯微鏡檢測細胞凋亡的發生。AnnexinV用FITC標記發綠色熒光；如果用PE標記就發紅色熒光。

JC-1染色JC-1是一種陽離子染料，可以在線粒體內聚集，低濃度時主要以單體（monomer）存在，發射光以綠光（～525nm）為主；而在高濃度時則可以形成多聚體（aggregation），發射光以紅光（-590nm）為主。線粒體本身存在一定的極性（polarization），其外膜為負極，內膜為正極。電位差由Ca²⁺、Na⁺和H⁺流調控。當線粒體狀態良好時對JC-l攝取量少，因而在線粒體內主要以單體的形式存在綠光強度/紅光強度的比值較高。

在線粒體發生去極化（depolarization）時，線粒內JC-l的濃度較高，多以多聚體的形式存在，綠光強度/紅光強度的比值降低。JC-1染色的綠光強度/紅光強度僅取決于線粒體的膜電勢（membranepotential），而與線粒體的形態、體積和密度都無關，因而能更好地反映線粒體的功能狀態。由于凋亡發生的早期存在線粒體的去極性，因此，JC-1染色被用于檢測凋亡的早期發生。其實驗方法如下。

JC-l染色非常簡單。首先可將成品JC-1以DMSO配成儲存液（1~5 mg/ml），儲存于-20℃，用時以培養液稀釋至10 ug/ml 終濃度。對貼壁細胞可以直接棄去培養液，漂洗細胞后直接加入染色液，10~30 min后在熒光顯微鏡下或者激光共聚焦下觀察。線粒體狀態好時細胞以綠色為主，當紅光信號增強時，紅綠相疊，以橙色為主。該染色運用于懸浮細胞時還可以通過流式細胞儀進行檢測，收集紅/綠信號強度，計算其強度比。

鈣黃綠素-AM（Calcein-AM）：Calcein-AM本身并不是熒光分子，但通過活細胞內的酯酶作用，Calcein-AM能脫去AM基，產生的Calcein能發出強綠色熒光（激發：490 nm，發射：515 nm）。因此Calcein-AM僅對活細胞染色