當前針對餐廚垃圾飼料化的主要技術是生化制蛋白飼料，并且具有很強的可行性，但從生物發酵法生產單細胞蛋白飼料角度對公共餐廚垃圾飼料化的可行性進行論證，發現仍然存在不少問題。

1、同源污染風險仍然存在。針對當前國內典型的加工工藝，國內實際上是將生物蒸干與生物發酵結合，由于微生物作用時間短、處理效率低，導致飼料產品中仍有大量未被降解的餐廚動物源性成分，作為動物飼料使用時仍可能存在同源性污染的風險。

2、周期長、菌種安全性不高。餐廚垃圾經粉碎、脫水等工序后，再混合接種酵母和微生物菌種，然后進行固體發酵等一系列工序生產高鈣酵母蛋白飼料。這種方法，投資少，見效快，操作簡便，但存在菌種的殺毒所需要時間長、飼料生產周期長、菌種管理的安全性不高等問題。

3、菌種發酵環境要求高，難于控制。利用固態發酵的方法，采用多種酵母和霉菌混合發酵對城市餐廚垃圾進行處理，制造富含菌體蛋白的飼料。在利用雙菌固態發酵處理餐廚垃圾時，發現菌種發酵效果的好壞，還受到接種量、接種方式、接種比例、發酵基質成分等多方面影響。此外，在餐廚垃圾中往往含有數量不等的食鹽。微生物生長需要與之細胞大致相等的滲透壓，超過一定的限度和驟然改變參透壓，對微生物的生長是有害的，甚至會引起微生物的死亡。