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上海滬宇生物科技有限公司

zui熱門的基因組測序新成果

時間:2014-9-9閱讀:256
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種屬:家貓(Felis catus)

基因組:3.1 billion bp

家貓會患上白血病也會受到免疫缺陷病毒的感染。為了更好的理解相關疾病,一個跨國科研團隊測序了三只家貓的基因組并且進行了注釋。這項研究為人們提供了一個新的貓科基因組瀏覽器——Genome Annotation Resource Fields(GARfield),其中包括血細胞的甲基化模式,以及兩萬一千多個基因組注釋。

雖然此前人們發布過家貓的基因組,不過之前的*槍測序法覆蓋度太低,這項研究有助于*之前留下的缺口。此外,這項研究也有一些新發現,比如發現了新的逆轉錄病毒類似元件和單核苷酸突變。研究顯示,家貓基因組中約有55.7%是由重復序列組成的。

種屬:南極蠓(Belgica antarctica)

基因組:99 million bp

南極蠓是南極洲*一種*陸生的本土動物,南極蠓測序揭向人們展示了環境對基因組結構的限制。

不能飛的南極蠓是目前基因組zui小的昆蟲,但它卻具有差不多13,500個功能基因。南極蠓基因組之所以那么小,是因為它的內含子很短,而且重復序列和轉座元件。

研究人員指出,在南極蠓中熱激蛋白、抗氧化酶、水通道蛋白的表達模式很*。正是這些適應性改變幫助南極蠓在嚴酷的環境條件下生存下來,在那里干燥、嚴寒和高紫外線輻射是家常便飯。

“這是測序環境下的昆蟲,為以后的比較研究奠定了基礎,”華盛頓州立大學的Joanna Kelley說。“此前有研究認為,有效群體大小越小基因組就越大,但我們看到南極蠓正好與此相反。”

種屬:新月彎孢霉(Curvularia lunata)

基因組:35.5 million base pairs

新月彎孢霉(Curvularia lunata)在我國造成了玉米作物的嚴重損失,日前上海交通大學的研究團對這種真菌進行了基因組測序。

研究人員通過比較發現,大約在兩千四百萬年和五千萬年前,C. lunata菌株CX-3和m118從另一種玉米病原體——Bipolaris maydis中分支出來,這三種致病菌現在仍然親緣緊密。

研究顯示,C. lunata菌株CX-3的基因組編碼了超過11,000個蛋白編碼基因,并且含有一些*的基因組島,這些區域可能對其毒性非常關鍵。CX-3中的轉座子元件比B. maydis或m118都要多。

研究人員比較了這三種致病菌的轉錄組,發現與次級代謝通路有關的基因存在表達差異。此外,CX-3的一些基因有助于真菌在壓力環境下的生存。這項研究可以幫助人們更好的理解C. lunata,并在此基礎上開發更靈活的策略,控制其感染農作物。

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