（一）樣品的制備

    在這部分內容中，主要描述了直接收集細胞內總蛋白的方法、用免疫沉淀獲得蛋白質的方法，及其隨后用雙向電泳分離、用銀染或West-ern印跡檢測的樣品制備。如果采用了其他的檢測方法，如GST或His-pul-down時，可以類似地制備等電聚焦的樣品，然后再參照本章部分2中步驟進行后續的樣品制備。在整個操作過程中，應該佩戴手套，以避免任何可能的外來性蛋白污染。

    “直接收集細胞內總蛋白”進行雙向電泳分析與“免疫沉淀等其他操作獲得的蛋白質樣品”進行雙向電泳在本質原理上沒有區別，但在樣品制備過程中的處理有所不同。因為雙向電泳進行時，上樣體系中要求低鹽（是無鹽，以免干擾電泳進行）。所以前者在一開始處理時，就要求用雙向電泳的裂解緩沖液進行細胞裂解；而后者在細胞裂解時無特殊處理，而在免疫沉淀后獲得的蛋白質樣品就需要經過低鹽、無去污劑的緩沖液洗滌處理，然后再進行后續電泳。

1.直接收集細胞內總蛋白進行雙向電泳

    根據試驗需要，進行細胞培養或相應處理（如不同的藥物刺激或狀態）。按照我們的實驗經驗，一般的貼壁細胞讓其生長到90%滿度以上時提取細胞蛋白較好。具體細胞數量，根據細胞種類不同而異，如P19細胞，175cm2的培養瓶（細胞數為108數量級）可以收獲8--10mg的總蛋白。而一次2D電泳（指能滿足后續考染、質譜分析）需要的蛋白量是0.8--1mg。而且，由于上樣體系總體積的限制，zui終獲得的溶液蛋白濃度不能低于8mg/ml。（Ramsbyetal.1994；Tayloretal.20）

（1）細胞的清洗

    在加入裂解液裂解細胞之前，應充分洗滌細胞，盡量去除培養液中的蛋白和其他成分，同時又應避免引入過多的離子。選擇使用低離子強度的等滲緩沖液作為細胞漂洗液（washsolution）。

    使用中等滲的*溶液漂洗細胞，漂洗液使用以前在4℃冰箱預冷。加漂洗液時讓其從培養瓶側壁流下，避免產生的沖力使細胞從瓶壁上脫落。輕巧地轉動培養瓶，使漂洗液流過整個培養瓶的內壁，漂洗3耀4遍。zui后一遍漂洗完后，盡量倒干漂洗液，然后將瓶口向上側傾插入冰中預冷，細胞貼壁一面應*與冰接觸。放置15min，讓殘余的漂洗液流到瓶底一角，用巴斯德管將其盡量吸干。

（2）細胞的裂解，蛋白提取

    新鮮配置細胞裂解液（lysisbufer），同時加入適量 DNAseI、RNAseA（終濃度0.5mg/ml）。如：底面積為75cm2的培養瓶加入裂解液約30μl（裂解液體積為細胞沉淀體積的3耀5倍），讓其流過整個細胞貼壁面，將培養瓶置于冰上放置10耀20min裂解，用細胞刮子將裂解后的細胞刮下吸入1.5ml的Ependorf管中，冰上超聲處理（具體超聲條件需要根據不同的細胞和儀器進行優化，比如我們的經驗：輸出功率60--10W，超聲3--5s，間歇60s，共3--10個循環），超聲后細胞懸液應變得澄清透亮。然后4℃，140rpm離心40min，保留上清。上清取樣立即進行蛋白濃度的測定，余下的蛋白樣品根據蛋白濃度的測量結果進行分裝（如1毫克/支），置-80℃備用。

2.免疫沉淀等其他操作后獲得的蛋白質樣品進行雙向電泳

（1）細胞裂解

根據試驗需要，培養細胞并進行相應處理。

1）用PBS洗滌細胞三次，刮下貼壁的細胞，轉移至一個EP管中。

2）細胞180g離心3s，去除PBS。

3）加入裂解緩沖液（每1×106個細胞加入大約10μl裂解液），吹打混勻，冰上孵育15min。

4）細胞于4℃，180g離心15min。

5）上清轉移至新的EP管中。

6）采用Bradford等方法分析上清中的蛋白濃度。

（2）相互作用蛋白的分離

    用共價交聯至Sepharose珠子的抗體進行免疫沉淀。在大規模制備蛋白復合物時，zui常采用的是固定至ProteinA或ProteinG的Sepharose珠子的抗體。過量的免疫球蛋白會影響蛋白質的等電聚焦以及二向分離。將抗體固定至珠子能克服這些問題。

1）裂解物的預清除：用細胞裂解液洗滌ProteinG或ASepharose珠子，共3次（每個樣品用20μl珠子）。商品化的Sepharose珠子常以50%懸液的形式保存在20%乙醇中。在20μlProteinG或ASepharose珠子中加入0.5--2mg的蛋白裂解物，4℃搖床孵育1h。該步驟可以移除與珠子非特異性結合的蛋白。

2）離心珠子，將經過預清除的裂解物轉移至一個新的 EP管中，EP管中預先加有10耀20μl抗體交聯的珠子。4℃搖床孵育2h或過夜。

3）用裂解液洗珠子，共3次，并用低鹽無去污劑的緩沖液（10mmol/LNaCl，50mmol/LTris-HCl pH7.4，5mmol/LEDTA）洗滌一次。盡量移除殘余的緩沖液。

4）室溫加入 含0.01%溴酚藍（或吸取少許）和2%pH3--10的兩性電解質的2D用裂解液。對于18cm長的IPG膠條，終體積應該為350μl（或根據生產商的說明）。如果使用的是管狀膠，終體積不一定需要調整至350μl。zui終的上樣體積取決于膠和玻璃管頂端的間距。用2D裂解液來調整體積。將樣品混勻，室溫孵育幾分鐘，然后離心。將上清上樣至*向凝膠。