熒光定量PCR是指在傳統PCR反應體系中加入熒光基團，其熒光基團會與PCR每次循環產生的新鏈的量成同比例增長，再利用檢測熒光信號的積累實時監測整個PCR進程，zui后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。
熒光定量PCR所使用的熒光化學可分為兩種：熒光探針和熒光染料。熒光探針如：TaqMan熒光探針，熒光染料如：SYBR熒光染料。
在熒光定量PCR檢測中經常出現的一些定義值的含義：
Ct值：每個反應管內的熒光信號到達設定的域值時所經歷的循環數。
熒光域值：PCR反應的前15個循環的熒光信號作為熒光本底信號，熒光域值的缺省設置是3-15個循環的熒光信號的標準偏差的10倍。
Ct值與起始模板的關系：每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數的對數存在線性關系，起始拷貝數越多，Ct值越小。利用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線，其中橫坐標代表起始拷貝數的對數，縱坐標代Ct值。因此，只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數。