凝膠干燥時遇到的主要問題是凝膠的變形和破裂。將凝膠放在Whatman 3MM濾紙上可防止干燥凝膠變形，但凝膠是否破裂取決于凝膠的厚度和干燥器的質量，因此，應盡量使用薄膠并使凝膠干燥器處于良好狀態，使其真空壓力波動極少。

(1)試劑與配制：固定液：冰醋酸:甲醇:水(10:20:70)

(2)電泳后的凝膠用5～10倍體積固定液在室溫下固定，酸性固定液擴散后可使凝膠中的溴酚藍變黃。藍色全部消失后，繼續固定5min。為防止凝膠破裂，在進行步驟(2)之前可將凝膠浸泡于含20%甲醇、30%甘油的溶液中過夜。

(3)將凝膠標記好方向后放在保鮮膜或玻璃紙上面，上面放一張比凝膠四周長出1～2cm的Whatman 3MM濾紙。

(4)另將一張濾紙放在凝膠干燥器上。將Whatman 3MM濾紙/凝膠/保鮮膜或玻璃紙，放在凝膠干燥器上的濾紙上面，保鮮膜或玻璃紙在zui上面。

(5)放下凝膠干燥器的蓋子，抽真空使凝膠四周封閉以干燥凝膠，干燥時間常由廠家提供，一般0.75mm厚凝膠干燥2h，如50～65℃可加快干燥進程。釋放真空。如加熱狀態下干燥，則先停止加熱并自然冷卻10min后再釋放真空。