在目前通常所用的免疫測定試劑盒中所用的抗原一般有三大類，即純化抗原、合成抗原和基因工程抗原。
純化抗原系指從人體液、組織或病原體培養物中采用物理化學方法如超速離心、過濾層析、電泳分離等所分離得到的目的抗原，如從HBsAg高滴度攜帶者外周血中分離純化的HBsAg，從胎盤血中分離純化的甲胎蛋白（a-fetoprotein），從HIV培養液中裂解純化的HIV抗原等。純化抗原的共同特點是，其*保留了天然抗原所具備的抗體結合特性，所有的決定簇包括立體構型決定簇都不會受到破壞。但純化抗原的純度對相應的免疫測定方法的特異性有較大影響。
合成抗原一般均是多肽抗原，如HCV和HIV結構和非結構區的合成多肽抗原，這類抗原因其為多肽片段，缺乏完整抗原所具有的立體構型決定簇，用于相應的抗HCV和抗HIV抗體的檢測有可能導致結合這種立體構型決定簇的抗體漏檢。
基因重組抗原是在已知目的抗原的核苷酸序列的基礎上，采用基因工程技術得到的表達抗原，如乙型肝炎核心抗原（HBcAg）、乙型肝炎e抗原（HBeAg）、梅毒螺旋體、弓形體、巨細胞病毒（CMV）、HCV和HIV的基因重組抗原等。
在目前的商品ELISA試劑盒中基本上都已使用這些重組抗原。由于基因重組抗原通常為病原體的部分抗原，如梅毒螺旋體的TpNl5，TpNl7和TpN47，HCV的核心區及NS3，NS4和NS5，HIV的gp41和gpl20等，因此，用此類重組抗原建立免疫方法來測定相應抗體，難免在測定相應病原體感染的敏感性上有缺陷。
zui近，美國Chiron公司為改善抗HCV測定的敏感性，將組成HCV的7個功能區即核心及E1，E2／NSl，NS2，NS3，NS4和NS5區中的除NS2以外的6個表達成一個融合蛋白“MEFA-6”，以這種融合蛋白建立的免疫測定方法的測定敏感性較使用NS3—NS4—核心（C25）區融合蛋白的免疫測定方法高2～4倍。
基因重組抗原不但對原抗原的生物學和免疫學特性能zui大程度地保留，而且可工業化大量生產，同時沒有從生物體液中提純抗原所存在的傳染危險性。
