一個完整的移液過程需以下幾個步驟：密封性的檢查、吸液嘴的安裝、量程的調節、吸液嘴的潤洗、移液（包括吸液和排液）、卸掉吸液嘴等。具體操作如下：
1. 密合性檢查
可以用目視法檢測：將吸取液體后的移液器垂直靜置（5 ～ 10）s，觀察是否有液滴緩慢的流出。若有流出，說明有漏氣現象。
2. 吸液嘴安裝
正確的安裝方法叫旋轉安裝法。將移液器的吸液嘴連接管頂端垂直插入吸液嘴中，在輕輕用力下壓的同時，左右微微（或小幅度）轉動，但不能用力過猛，使其緊密結合，上緊即可。如果是多通道（如 8 通道或 12 通道）移液器，則可以將移液器的道對準個吸液嘴，然后傾斜地插入至全部通道與對應的吸液嘴緊密接觸，往前后方向搖動即可卡緊。
吸液嘴卡緊的標志是略微超過 O 型環，并可以看到連接部分形成清晰的密封圈。
3. 量程的調節
在調節量程時，通過旋轉按鈕將容量值迅速調整至接近被測量值；當容量值接近要測的量值后，應將移液器橫置，水平放至眼前，通過調節按鈕慢慢地將容量值調至測量值，從而避免視覺誤差所造成的影響。應當注意的是：（1）由于移液器的計數器內部有空隙產生，所以在調節被測量值時，需要先調至超過被測量的量值后再回調至被測量值，這樣可以保證的準確度。（2）在調節測量值的過程中，不能將按鈕旋出或最小量程的位置，否則會卡住內部機械裝置而損壞移液器。
4. 吸液嘴的潤洗
吸液嘴在檢定之前，先吸取或排放蒸餾水至少1～3次，將其潤濕。這是為了讓吸液嘴內壁形成一道相同介質的液膜，確保移液工作過程的準確一致性和重復性。
5. 移液（吸液與排液）
由于吸液嘴浸入液面深度不同，造成的不同液壓會影響移液器的準確度，所以依據不同的量程其吸液嘴浸入深度和停留時間也不同。
移液時，用大拇指將按鈕由初始點按至停點進行吸液，然后緩慢松開按鈕至初始點，確認此時的液體*吸至吸液嘴。
移液時，操作應慢吸慢放，控制好彈簧的伸縮速度，緩慢平穩地松開控制按鈕，不能突然松開，否則由于液體進入吸液嘴過快而導致空氣進入吸液嘴，從而影響量值的準確度，也會導致液體可能倒吸入移液器內部，腐蝕柱塞而造成漏氣現象。
排液時，操作也應緩慢。液體吸至吸液嘴內后，用濾紙擦去吸液嘴外掛的液體（或將吸液嘴在容器壁上輕輕旋轉），將吸液嘴貼靠容器內壁，并有一定傾斜角度，通常30°～45°角，將按鈕按至停點排出液體，停留片刻，待吸液嘴內殘留液體聚集后，繼續按動按鈕至第二停點將殘余的液體排出，緩慢松開按鈕，將移液器移至它處。對于容量值低于10μL 的微小量值，可直接排液至容器底部。
6. 卸掉吸液嘴
為避免產生污染，卸掉的吸液嘴要單獨放置處理，不能與新的吸液嘴放在一起，以免造成混淆。
7. 測量后移液器數值應調回量程
8. 手動與電動移液器操作步驟的區別
手動移液器和電動移液器操作步驟基本相同，只是在調節量程時電動移液器可按儀器本身設置進行調節；多通道移液器每個通道的測量可按照上述步驟進行，也可選用多通道的專用天平，這樣可以提高工作效率。
9. 根據移液器的量程及準確度選用不同等級的天平
