天然沸石，孔徑大小不一，有空泡就可以防止爆沸，卻達不到工業生產的高效率需求。沸石在生成時呈現有某種程度的化學平衡狀態，因此可以把它們看作是一種礦物的相，叫做沸石相。這種沸石相是一種介穩態，也就是可以人工合成并在一定程度下穩定存在。沸石分子篩的功能則要高級的多，如篩選分子、做催化劑、緩釋催化劑等，因而對孔徑有一定的要求，分布要均一，經常是人工合成的。以下從不同角度詳細介紹兩者的區別。
1.化學成分不同
天然沸石的主要化學成分是鋁硅酸鈉，而分子篩是結晶態的硅酸鹽或硅鋁酸鹽，由硅氧四面體或鋁氧四面體通過氧橋鍵相連而形成。
2.特性不同
沸石具有玻璃樣的光澤，可以再重新吸收水或其他液體。分子篩具有吸附能力高，熱穩定性強等其它吸附劑所沒有的優點。
3.特征不同
分子篩為粉末狀晶體，有金屬光澤，硬度為3～5，相對密度為2～2.8。天然沸石有顏色，合成沸石為白色，不溶于水，熱穩定性和耐酸性隨著SiO2/Al2O3組成比的增加而提高。
