1. 先分離膜，然后提取 如選用冷熱交替法、反復凍融法、超聲破碎法、玻璃勻漿法、自溶法和酶處理法使得細胞破碎，然后通過剃度離心得到含有膜蛋白的粗組分。（例如：michael11 液氮研磨組織→加入勻漿緩沖液及蛋白酶抑制劑→差速離心→蔗糖密度梯度離心→收集 37% 與 41% 間的成分，即為質膜部分→裂解即可收集膜蛋白）。

2. 用特殊的去污劑選擇性的分離 采用去垢劑將疏水蛋白從其膜結構中溶解下來，然后將蛋白質穩定。去垢劑的選擇通常是依據他對所需要蛋白質的提取效率來確定，但在某些情況下，還要考慮到以后的純化步驟。雖然許多膜蛋白必須在去垢劑存在的情況下進行純化，但最終仍可能需要除去去垢劑。在設計膜蛋白溶解方案時，必須考慮某一去垢劑的特殊性質。如 tritonX-100 在 280 nm 處有吸收，如果某蛋白質的測試與 280 nm 處的吸收有關，就應避免使用這類去垢劑。將膜制劑與胞質蛋白及細胞核分離后，再進一步從細胞膜制劑中將所需的膜蛋白增溶下來。這種做法的好處是可以用強烈的去垢劑提取細胞骨架的相關蛋白，而無需考慮胞質蛋白、細胞核成分或染色質成分的混入。使用這種方法所獲得的膜蛋白，無論在種類上還是數量上，都比酸溶解法所得到的蛋白（＜ 5000 Da）要多。一般提取的膜蛋白量往往只占膜蛋白總量的不足 0.1%，所以充分的膜蛋白的提取，無疑對于研究膜蛋白的結構和功能都是非常重要的。第二種方法簡單，可靠，但有時含有其他蛋白。一般的都是利用 4 度時所有的蛋白質原則上都溶于 TritonX-114 水溶液，在溫度超過 20 度時，此溶液分為水相和去污相；此時親水性蛋白溶于水相，疏水的膜蛋白溶于去污劑相中。利用此性質可提取膜蛋白。

3. 膜蛋白色譜 （CMP） CMP+ 分離強疏水性蛋白、多肽混合物的層析系統，一般有去垢劑（如 SDS）溶解膜蛋白后形成 SDS-融膜蛋白，并由羥基磷灰石為固定相的柱子分離純化。羥基磷灰石柱具有陰離子磷酸基團（P-端），又具有陽離子鈣（C-端），與固定相結合主要決定于膜蛋白的大小、SDS 結合量有關。利用原子散射法研究 cAMP 的分離機制發現，樣品與 SDS 結合后在離子交換柱上存在 SDS 分子、帶電荷氨基酸與固定相中帶電離子間的交換，從而達到分級分離的目的。

4. 順序抽提法 根據細胞蛋白溶解性的差異，用具有不同溶解能力的蛋白溶解液進行抽提的方法。用 Tris 堿溶液裂解細胞提取高溶解性蛋白；把未溶解的 pellet 用標準液溶解提取高疏水性蛋白；最后用含復合表面活性劑的蛋白溶解液，最后可以再次抽提前兩次抽提后不能溶解的膜蛋白。5. 離心柱法提取膜蛋白 高滲的蛋白裂解液讓細胞溶漲破裂后，超高速離心。