由于我國餐廚垃圾還處于管理前期，餐廚垃圾資源化獲得的收益遠遠小于投入，目前國家以補貼形式承擔餐廚垃圾規范化收運及處理的成本差額，由國家分別支付給收運單位和處理單位。由于國內尚沒有完善的餐廚垃圾管理流程，餐廚垃圾補貼費用核算基本參照已有的數值，并沒有科學設計管理流程，餐廚垃圾管理、收集及監管效率低下。總而言之，目前國內大多數餐廚垃圾的無害化處理尚處于起步階段，面臨的主要問題有如下幾點。

一、關于餐廚垃圾管理的法律法規不健全

雖然在國家層面的《中華人民共和國固體廢棄物污染防治法》和《中華人民共和國循環經濟促進法》等法律涉及對餐廚垃圾的管理，但這些法律的規定都過于原則化，操作性不強。從目前我國社會的發展現狀來看，經濟發展迅速，人們外出就餐頻率增加，餐廚垃圾產生量只增不減，為了美化城市環境，避免成為垃圾圍城，在國家層面上將餐廚垃圾統一立法顯得尤為必要。國家應該制定餐廚垃圾管理的具體細則，包括將餐廚垃圾的概念進行統一，對餐廚垃圾分類回收的主體、方式做出明確規定，違反餐廚垃圾管理行為的懲罰標準做出規定。由于各地飲食習慣的差異，導致餐廚垃圾在成分含量有所不同，所以，各個地區需因地制宜根據具體情況制定相應的法規

二、在餐廚垃圾管理方面機關單位職責未全面履行

各部門職責不明確在對餐廚垃圾的管理中，機關單位起的主導作用不明顯以及職責不明確是造成餐廚垃圾堆積成山局面的原因之一。餐廚垃圾的有效處理與居民的居住環境和經濟的健康發展息息相關。治理餐廚垃圾是一項迫在眉睫的工作。餐廚垃圾的管理是一項系統工程，它的管理是從產生、運輸、回收、處理等多個環節，這其中會涉及環保部門、工商部門、衛生部門的責任，多個部門監管不同環節，它需要工商、環保質監等多個部門的協調配合，這其中容易造成職權交叉、權利沖突的現象。這樣會使得工作部門工作效率低下，使餐廚垃圾監管的目標難以實現。

三、餐廚垃圾管理制度不健全

餐廚垃圾分類回收是實現餐廚垃圾資源化的前提，餐廚垃圾可以分為廢棄油脂和廚余垃圾，二者在源頭、成分、處置方式上存在明顯差別，所以對餐廚垃圾分類回收十分必要。但是由于目前我國對餐廚垃圾的管理尚未形成一個完整的體系，餐廚垃圾分類回收面臨很多障礙，在《固體廢棄物污染防治法》和《中國21世紀議程》中都提到要求垃圾分類的問題，但都過于原則化，操作性差。對于餐廚垃圾分類回收的實施細則還比較少。餐廚垃圾分類的獎懲規定上還存在不足，在發達國家，對積極將餐廚垃圾分類的個人及單位實行獎助制度，而對沒有將餐廚垃圾分類的單位或個人實行嚴厲的懲罰制度。而在我國尚未形成這種鮮明的獎懲力度，這也是餐廚垃圾難以實現分類回收的原因之一。此外，公民的環境保護意識比較淡薄也是餐廚垃圾難以分類回收的重要原因。我國尚沒有形成餐廚垃圾是一種有用資源的認識，大多數人會將餐廚垃圾與生活垃圾一起扔進垃圾箱。另外對私自賣出餐廚垃圾的行為懲罰較輕，而且餐飲企業可以獲得可觀利益，受利益的驅使，使得餐廚垃圾落入不法商販手中，導致一些餐廚垃圾處理廠因無法收集到餐廚垃圾而面臨停業狀態。