醫院一般分為綜合性醫院和傳染病醫院兩大類。醫院污水就其污染物的種類及濃度與城市糞便污水相近，但并不*一致。因為除一般污染物外，醫院污水中還含有一些特殊的污染物，如藥物、消毒劑、診斷用劑、洗滌劑等。
醫院污水主要源于各種病房，特別是各種傳染病房、手術室、洗衣房所排污水，除含有大量病源微生物，寄生蟲卵如蛔蟲卵及各種病毒如肝炎病毒、肺結核菌和痢疾菌等外，還含有大量污染物，其中有機物質占污染總量的60%左右，不溶解物質約占總量的40%。由于大量不容物質如肌肉組織等沉淀時，將比重較大的蠕蟲及其卵、大量細菌等一起沉淀在污泥中。
合理設計污水處理設備一體化作為醫院，其排放污水中含有大量有毒化學物質和多種致病菌、病毒和寄生蟲卵，它們在環境中具有一定的適應力，有的甚至在污水中存活時間較長，若未經處理即排入水體或用于灌溉，將會污染環境，影響人民身體健康。
合理設計污水處理設備一體化醫療廢水處理的基本方法有三類：物理法、化學法和微生物法，目前醫院更多采用的是化學方法，物理方法主要是針對醫院廢水進行沉淀、分離、冷熱處理等操作。化學方法在醫院廢水處理中應用更為廣泛，目前常用的方法包括：氯化消毒法、氧化劑消毒法、輻射消毒等。微生物處理法作為當前科技附加值較高的方法，逐步受到了人們的青睞。
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