醫院污水的處理中，因其水質比較復雜，其中含有各種水污染物及病原性微生物、傳染性病菌和病毒，如果不經過妥善的進行滅菌處理就予以排放，不僅污染環境而且還會對人的身體健康造成很大危害，因此，在醫院污水治理中殺菌消毒應是其中的一個重要環節。根據《中華人民共和國水污染防治法》（1984）第三十六條對含有的病原體的污水必須進行殺菌消毒處理。《污水綜合排放標準》GB8979-1996中的《醫院污水排放標準》（GBJ48-83）的要求，醫院污水經過消毒后，水質要求應達到下列標準：一體化醫院污水處理設備

1、連續三次各取500mL進行檢驗，不得檢出腸道致病菌和結合桿菌。

2、總大腸菌群不得大于500個/L。

在我國醫院污水消毒中使用的以次氯酸鈉和為主，次氯酸鈉耗電和鹽耗量較大，部件易損壞，體積占地面積大，管理運行不便等缺點。使用運行費用雖然較低，但其安全性太差，易于泄露，存在隱患較高。二氧化氯作為上第四代消毒劑，用于處理醫院污水，可克服使用lv氣所產生的弊端，不會與中的有機物生成等致癌物質，不產生氯酚。水質的PH值對消毒效果影響很小，且有持久的消毒效果。二氧化氯具有較強的氧化性，可去除污水中的還原性酸根和金屬離子，對水中的有機物多降解為含氧基團為主的產物，無氯代產物出現。對水中的黃霉粟、腐植酸，也可以被氧化降解，降解產物不以出現，這一點是傳統的氯處理法決不能實現的。

醫院污水主要是綜合病房污水。設計采用生物接觸氧化+沉淀+消毒工藝，即A2O工藝處理。A2O工藝的功能是硝化與反硝化作用。其原理是通過硝化與反硝化菌作用，把污水中氨氮轉換成亞硝態氮、硝態氮，再通過反硝化菌作用把硝態氮轉換成氮氣，從污水中脫氮。設計要點是注重污水、污泥的殺菌消毒方式。