化學兼容性是指兩種物質相互接觸時的和諧共軛作用。通過考慮一種物質與另一種物質混合時的穩定性來進行測量。在混合時，如果元素沒有顯示變化，則它們被認為是相容的，而如果物質發生物理或化學變化(如果變化對所需結果產生不利影響)，則認為它們是化學不兼容的。化學兼容性是過濾過程中重要的因素。在過濾液體，氣體或空氣時，需要考慮過濾材料的成分。過濾器的材料應與被過濾液體的化學性質兼容。這樣可以減少過程中發生故障的風險。通常觀察到與液體有關的化學兼容性，但是溶解的溶質可能會不希望地與濾液介質混合。因此，應讓過濾介質對特定物質敏感或有抵抗力。應注意不要因化學暴露而對介質造成損害。只有發現它們兼容，才可以繼續進行過濾過程。
兼容性受許多因素影響，例如暴露時間長短，濃度，溫度和施加的壓力。這些因素單獨地或組合地能夠影響過濾過程。在有機溶劑的情況下，這些因素很重要。過濾器的介質應耐溶劑。否則對過濾那些溶劑沒有作用。同樣，如果溶劑化學侵蝕過濾器，或者如果過濾器經歷了化學降解，則它可能會將污垢元素釋放到料流中，因此對于所有實際目的都是無用的。
此外，某些溶劑不會破壞過濾器，但會被聚合物基質吸收，因此會改變孔徑并改變過濾器的性能以備將來使用，從而從長遠來看會影響其使用壽命和效率。在過濾水溶液的情況下，可能發生類似的情況。因此，應注意，袋式過濾器不會因水流而遭受損壞。應測試化學添加劑，pH平衡以及酸和堿，以確定不同因素對過濾介質的影響并理解過濾器的靈敏度。
