整個厭氧過程分為水解、發酵、產乙酸產氫階段、產甲烷階段。
1.水解階段
高分子有機物因相對分子量巨大，不能透過細胞膜，因此不可能為細菌直接利用。因此它們在第yi階段被細菌胞外酶分解為小分子。
2.發酵（或酸化）階段
在這一階段，上述小分子的化合物在發酵細菌（即酸化菌）的細胞內轉化為更為簡單的化合物并分泌到細胞外。這一階段的主要產物有揮發性脂肪酸（簡寫為VFA）、醇類、乳酸、二氧化碳、氫氣、氨、硫化氫等。與此同時，酸化細菌也利用部分物質合成新的細胞物質，因此未經酸化廢水厭氧處理時會產生更多的剩余污泥。
3.產乙酸產氫階段
在此階段，上一階段的產物被進一步降解為乙酸（又稱醋酸）、氫和二氧化碳，這是產甲烷反應的反應底物。一體化處理有機廢水設備裝置
4.產甲烷階段（zui高的階段）
產甲烷菌是一種嚴格的厭氧微生物，與其它厭氧菌比較，其氧化還原電位非常低（<-330mV）。
連續培菌。先將曝氣池進滿廢水，然后停止進水，悶曝半天至一天后可連續進水。連續曝氣，進水量從小到大逐漸增加，連續運行一段時間（與間歇法差不多），就會有活性污泥出現并逐漸增多。曝氣池污泥量達到工藝所需的濃度時，按工藝要求進行控制。
由于自然培菌法是用廢水直接培養活性污泥，其培菌過程也是微生物逐步適應廢水性質并獲得馴化的過程。一體化處理有機廢水設備裝置
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