氧化溝的反應池進水后并運行啟動使用潛水推流器。連續進水直到氧化溝中的水位到達設計的有效水深1/3處時，需要將接種的污泥均勻的放入到氧化溝反應池的水池中，采用潛水曝氣的系統開始給水池曝氣，同時不斷的進水直到氧化溝反應池中的水位到達設計使用運行的水位(采用轉刷式或者轉碟式曝氣的系統,在此時應該開始運行曝氣)，在污泥接種完成以后的不斷進水的過程中不斷的增加曝氣氣量直到曝氣量達到極限。
氧化溝水位到達設計使用運行水位后，不斷進水到二沉池里面。當二沉池進水有2個小時以后，開始啟動沉淀池的橋式刮泥機和安裝在水池上的污泥回流泵，使二沉池中活性污泥不在沉淀，在污泥馴化開始的時候能快速地被收集，并迅速的回流到生物處理的水池中。
污泥回流率應該通過去觀察回流的污泥情況來進行適當的調整，一般的情況下污泥的回流比例，要控制在50%~之間的數據。
當二沉池達到正常使用運行的水位時，應該去觀察活性污泥的現狀如何，此時控制進水量，一直到出現絮狀物為模糊不清時，此時可以適當添加水量，換新水以及補充水里的營養物，換的水量能控制到氧化溝水池容的25%以內，需要重復以上的操作。當二沉池的水開始滿出時，應該啟動后續的污水處理的工藝，如下一道工序，起到消毒的工藝。
在生物處理水池的水位到達正常運行使用的水位以后，應該隨時監督氧化溝中的溶解氧(DO)的濃度值(一般是通過溶解氧測定儀來檢測)，以此數據來判定水下的曝氣量是否足夠，因此要作出適當的調整。在水池中活性污泥馴化的過程中，水池溶解氧的濃度應該能滿足下面三個方面能發生的情況下：
(1)進水量和回流的污泥中的溶解氧濃度比較低時;需要增加水池的充氧量；
(2)進水的時候缺氧，必須要有足夠的溶解氧來將其迅速的改變成充氧量適當的環境；
(3)當污水中的營養物質是豐富的時候，就需要有大量的溶解氧來滿足水中的微生物生長。
在水池中的污泥馴化過程中，溶解氧低的濃度應該保證在氧化溝出水口的地方溶解氧的濃度不要小于1.0mg/L。
在水池中活性污泥馴化階段中，因為活性污泥的濃度比較低，在水池曝氣的過程中應該會產生許多的泡沫，在現場的實際操作的時候，應該采取對應的處理方法，如果選用噴灑水滴的方式等措施去除水上的泡沫。
