生物處理技術是目前為成熟的污水處理技術，且其處理效果較為穩定，處理成本低.生物法主要是通過微生物代謝作用降解污水中的有機污染物，目前應用比較多的是UASB以及UASB組合工藝.楊可成研究用水解酸化調節池+UASB+SBR工藝處理金黃色素廢水，進水COD為2.8～16.5g/L，SS的質量濃度為600～1550mg/L，屬高含量制藥廢水，處理后的出水COD小于1g/mL，COD去除率穩定在80%以上.介紹了升流式厭氧反應器處理制藥廢水的工程實例，處理效果較好，但是，由于其有機物成分復雜，限制了反應器的HRT，而理想的出水效果需要較長的HRT。

　　利用微生物的生命活動來代謝廢水中的有機物，從而達到凈化目的，是目前制藥廢水廣泛使用的處理技術，它包括好氧法、厭氧法及它們組合方法.由于單獨的好氧處理和厭氧處理都有一定的弊端，而厭氧-好氧的組合工藝在改善廢水的可生化性、耐沖擊性、投資成本、處理效果等方面表現出了明顯優于單一處理方法的性能，因而在工程實踐中得到了廣泛應用.另外，近年發展起來的膜生物反應器(MBR)為膜分離技術與生化處理有機結合的新型廢水處理工藝，通過膜分離技術大大強化了生物反應器的功能，具有容積負荷高、抗沖擊能力強、剩余污泥量少、出水質量好、占地面積小等優點，是具應用前途的廢水處理新技術之一。