制藥過程中產生的有機廢水是主要污染源，盡管制藥工業產值僅占全國工業總產值的117%，但其廢水排放量占全國廢水排放量的2%。制藥工業廢水主要有抗生素類廢水、中藥廢水和化學制藥廢水。
制藥工業廢水中含有的主要污染物有懸浮物（SS）、化學需氧量（COD）、生化需氧量（BOD）、氨氮（NH3-N）及揮發酚等有毒有害物質。
抗生素制藥廢水是含難降解物質、生物毒性物質及高S和N的有機廢水。抗生素生產中在抗生素的篩選和生產、菌種選育等方面仍存在著許多技術難點，從而出現原料利用率低、提煉純度低、廢水中殘留抗菌素含量高等諸多問題,造成嚴重環境污染。抗生素生產包括微生物發酵、過濾、萃取結晶、化學方法提取、精制等過程。以糧食或糖蜜為主要原料生產抗生素的廢水主要來自分離、提取、精制純化工藝的高濃度有機廢水,如結晶液、廢母液等,種子罐、發酵罐的洗滌廢水以及發酵罐的冷卻水等 。因此,廢水有CODCr 含量高、存在生物毒性物質、色度高、p H 波動大、間歇排放等特點,是治理難度大的有毒有機廢水之一。
制藥廢水的水質特點是含有糖類、苷類、有機色素類、蒽醌、鞣質體、生物堿、纖維素、木質素等多種有機物;廢水SS高,含泥沙和藥渣多,還含有大量的漂浮物; COD濃度變化大,一般在2 000 -6 000 mg/L之間,甚至在100 - 11 000 mg/L 之間變化;色度高,在500倍左右;水溫25 - 60 ℃。
化學制藥廢水的水質特點是廢水組成復雜,除含有抗生素殘留物、抗生素生產中間體、未反應的原料外,還含有少量合成過程中使用的有機溶劑。COD濃度大,一般在4 000 ～4 500 mg/L 之間。
難降解有機污染物如有機氯化物、高分子聚合物以及多環有機化合物等。這些難降解污染物進入水體后，能長時間殘留在水體中，且大多具有較強的毒性和致癌、致畸、致突變作用，并通過食物鏈不斷積累、富集、zui終進入動物或人體內產生毒性或其他危害。由于難降解有機物具有上述特點，它們對環境的污染是性的，無論從水中的浮游生物到魚類、貝類、從家禽、家畜到野生動物，幾乎在所有生物體內都可以找到難降解有機物。可見，難降解有機物對生態環境的影響和破壞是極其嚴重的。另外，某些難降解有機物具有很強的毒性和致癌、致畸、致突變作用，排入水體后通過食物鏈進入人體，對人類的健康構成很大的威脅。
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