隨著制藥工業的發展，制藥廢水已成為嚴重的污染源之一。制藥工業廢水主要包括四種：抗菌素工業廢水，合成藥物生產廢水；中成藥生產廢水；各類制劑生產過程的洗滌水和沖洗廢水。由于藥物品種繁多，在藥物生產過程中，需使用多種原料，生產工藝又椒復雜，因而廢水組成也十分復雜。結合節能減排等國家政策出臺，制藥廢水綜合治理日顯突出，應加強對此類廢水治理，從而減少對水環境和人類的危害。
制藥過程中產生的有機廢水是主要污染源,盡管制藥工業產值僅占全國工業總產值的117% ,但其污水排放量占全國污水排放量的2%。制藥工業廢水主要有抗生素類廢水 、中藥廢水和化學制藥廢水。
制藥行業廢水中含有的主要污染物有懸浮物( SS) 、化學需氧量(COD) 、生化需氧量(BOD) 、氨氮(NH3 - N) 及揮發酚等有毒有害物質。中藥廢水的水質特點是含有糖類、苷類、有機色素類、蒽醌、鞣質體、生物堿、纖維素、木質素等多種有機物;廢水SS高,含泥沙和藥渣多,還含有大量的漂浮物; COD濃度變化大,一般在2 000 -6 000 mg/L之間,甚至在100 - 11 000 mg/L 之間變化;色度高,在500倍左右;水溫25 - 60 ℃。
化學制藥廢水的水質特點是廢水組成復雜,除含有抗生素殘留物、抗生素生產中間體、未反應的原料外,還含有少量合成過程中使用的有機溶劑。COD濃度大,一般在4 000 ～4 500 mg/L 之間。
制藥廢水大多數具有有機物濃度高、色度高、含難降解和對微生物有毒性的物質、水質成分復雜、可生化性差等特點。廢水中的殘留抗生素和高濃度有機物使傳統生物處理法很難達到預期的處理效果，因殘留抗生素對微生物的強烈抑制作用使好氧菌中毒，造成好氧處理困難；而厭氧處理高濃度的有機物又難以滿足出水達標，還需進一步處理。制藥廢水的復雜性與常規生化處理工藝的高耗、低效性，是導致當前大量制藥廢水難以處理和不易達標排放的zui直接原因。因此，在采用厭氧生化處理和厭氧、好氧生化組合的傳統工藝之前，對制藥廢水進行有效的預處理，破壞或降解其中的殘留藥物分子及抗生素活性，使其中難以生物降解的物質轉化為易于生物降解的小分子物質，即消除其對微生物的抑制作用，提高廢水的可生化性，可以使后續生物處理的難度大大減少。
