畜禽養殖業帶來的污染物主要有畜禽養殖場有機廢水、糞便、惡臭、致病微生物、飼料添加劑中的抗生素，以及將來可能出現的轉基因生物污染。養殖業的糞尿排泄物及廢水中含有大量度的有機物、氮、磷、懸浮物及致病菌，并產生惡臭，污染物量大而集中。這些排泄物如果不按國家規定標準處理，勢必對周圍的水源、土壤和空氣造成嚴重污染，從而成為社會一大危害，同時也使寶貴的肥料資源、能源白白浪費。
畜禽糞便中含有多種污染因子對環境的危害極大，防治畜禽養殖污染刻不容緩。(1)水體污染。未經處理排放的糞便污水中含有大量污染物，其中化學耗氧量(COD)高達3—8萬毫克/升，成為高濃度的有機污染源，排入江河湖泊后，惡化水質，導致敏感水生物死亡。其有毒、有害成分滲入地下還可造成地下水中的硝酸鹽含量過高，溶解氧減少，使水體發黑、發臭，喪失使用功能，嚴重污染地表水和地下水，甚至直接影響人們的身體健康和生活水平。(2)空氣污染。畜禽糞便在厭氧的環境條件下，可分解釋放出氨氣、硫化氫、甲烷等帶有酸味、臭蛋味、魚腥味的刺激性氣體，大部分的規模化養殖場周圍臭氣沖天、蚊蠅成群，對養殖場周邊的大氣環境造成嚴重污染。揮發到大氣中的氨氣還可引起酸雨，影響農作物的生長。(3)傳播人畜共患病。由于畜禽糞便中的污染物含有大量的病源微生物、寄生蟲及孳生的蚊蠅，會使環境中病源種類增多，菌量增大，病原體和寄生蟲大量繁殖，導致人、畜傳染病蔓延。由動物傳染給人的人畜共患病有90多種，這些人畜共患病的載體主要是畜禽糞便及排泄物。不少畜禽養殖場與居民稠密區混雜，一旦發生疫情，后果不堪設想。
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