污水處理過程中，影響傳統活性污泥的因素同樣影響生物脫氮除磷活性污泥法，但影響的程度則可能有差異，因為主體微生物的生理特性和環境要求有差異。
影響因素主要有三類：
（1）環境因素，如溫度、PH、溶解氧；
（2）工藝因素，如泥齡、各反應區的水力停留時間；
（3）污水成分，如BOD5與N、P的比值。
生命活動一般都受溫度影響，通常溫度上升，活性加強。溫度影響應在處理設施長期的運行中留心考察。
城市污水的PH值通常在7左右，適于生物處理，略有波動影響不大，未見因PH值波動而運行失敗的報導。硝化菌和聚磷菌對PH較為敏感，PH值低于6.5時影響嚴重，處理效率下降。
消化菌和聚磷菌要求有氧區有豐富的溶解氧，而在缺氧區或無氧區沒有溶解氧。但回流混合液和回流污泥挾帶溶解氧，因而有氧區溶解氧也不宜過高，通常維持在2mg/L左右。
生物除磷泥齡越短，污泥含磷量越高，因而希望在高負荷下運行，但除磷的同時又希望脫氮，而硝化只能在泥齡長的低負荷系統中才能進行，因而是有矛盾的。這種矛盾在水溫較低時更明顯，水溫低于15.C時，硝化效果下降。
通常城市生活污水BOD5、N、P的組成，可適應生物脫氮除磷的要求。研究表明，通過缺氧、厭氧和好氧的合理組合、并提高活性污泥的濃度，在水力停留時間接近傳統活性污泥法的情況下，出水COD、BOD5、SS、NH3-N和總磷都能達到排放標準。若N或P過高，則較難同時達到排放標準。
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