當經熒光染色或標記的單細胞懸液放入樣品管中，被高壓壓入流動室內。流動室內充滿鞘液，在鞘液的包裹和推動下，細胞被排成單列，以一定速度從流動室噴口噴出。在流動室的噴口上配有一個超高頻的壓電晶體，充電后振動，使噴出的液流斷裂為均勻的液滴，待測細胞就分散在這些液滴之中。將這些液滴充以正、負不同的電荷，當液滴流經過帶有幾千伏的偏轉板時，在高壓電場的作用下偏轉，落入各自的收集容器中，沒有充電的液滴落入中間的廢液容器，從而實現細胞的分離。 [1] 
，從而對細胞（或微粒）的物理、生理、生化、免疫、遺傳、分子生物學性狀及功能狀態等進行定性或定量檢測的一種現代細胞分析技術，它可根據發射光的熒光強度和波長將發光顆粒亞群分開并可實現單克隆分選，能復雜樣本中的細胞進行鑒定、分類、定量和分離，單次可同時對其中一種到四種特定細胞進行超高速分選純化、高通量單克隆分選或細胞芯片制備。分選后的細胞能直接用于培養、移植、核酸提取、單細胞PCR擴增或原位雜交等，可進一步進行細胞基因、蛋白、功能水平的研究和不同細胞之間的差異化研究。硬件中樣本細胞丟棄的比例低于5%，保證樣本中目標細胞的高回收率。 [2] 
流式細胞分選儀
流式細胞分選儀
特點編輯
1. 少量細胞分選時，流式細胞分選精確度高（99%以上），速度快。的流式細胞儀的分選速度可達25000個細胞/秒以上，比傳統的分選速度提高了很多倍，需要一天的工作只需要幾小時就能完成。不過流式細胞儀分離細胞的量還是有一定的限制，一次分離的大合理量約為10個細胞。如果細胞量超過10個，則需要耗費10小時以上，分選后細胞的活力會受到很大的影響.
2. 可以同時進行多個Marker分選，正選負選同時進行。以前的流式細胞儀只能給液滴充上正電荷或負電荷，因此在電場中只能向左或向右偏轉，即兩路分選。儀器可以給液滴充以不同的電量，從而調整液滴的偏轉角度，實現多路分選。BD的FACSAria流式細胞儀就可以進行四路分選。
3. 不僅僅限于表面抗原，流式細胞儀可以根據任何能檢測到的發光度（如細胞體積）或熒光（如DNA、RNA或蛋白含量，酶活性，特異抗原）散射度差異來分離細胞。如果能保證流式細胞儀的無菌狀態，那么分選后的細胞還可以進行培養或其他分析。
4. 如果只是偶爾做幾次細胞分選的話，用流式分選還是比較劃算的，只需要準備樣品和抗體，交納一定的儀器使用費即可，不需要購買配套的設備。 [3] 
應用編輯
流式細胞分析/分選系統主要應用于： [4]  1）干細胞組織工程在研究；2）細胞增值、活性和凋亡研究；3）疾病細胞如炎癥細胞、腫瘤細胞等的發生、發展和轉歸研究；4）基因表達和表達調控研究；5）細胞內信號傳導和生物大分子間相互作用研究；6）各種病原體如病毒、細菌等基礎和致病性和致病機理研究；7）藥理藥效和藥物開發研究；8）移植和細胞治療研究；9）生物材料對細胞結構、活性和功能的影響等。利用儀器的分選功能分選得到高純度、高活性的稀有細胞，通過直接培養、誘導、增殖、分化、活化和移植等進行更深一步的細胞功能和細胞治療探索，還可以在此基礎上逆向進行基因組合蛋白質組相關研究，尋找致病基因、致病蛋白和疾病信號傳導方式。