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甲胎蛋白是肝癌的特異性標志，但血清甲胎蛋白陽性未必都是肝癌。什么情況甲胎蛋白會出現陽性呢？
甲胎蛋白由新生的幼稚肝細胞分泌，胎兒的肝細胞沒有發育（分化）*，分泌的甲胎蛋白量很大，所以孕婦的甲胎蛋白會陽性。肝癌是尚未分化的肝細胞，當然能大量分泌甲胎蛋白。
孕婦在分娩1年后體內的甲胎蛋白就會恢復正常，正常值為每升血內甲胎蛋白含量不超過20微克，如果甲胎蛋白升高到每升血400微克以上，那么患肝癌的機率就很大了，這時還要進行超聲波檢查，因為有30%~40%肝癌患者的甲胎蛋白不會升高，所以需要進行綜合檢查。
雙胎孕期甲胎蛋白值比單胎高一些，所測350ng/ml在正常范圍，高于正常值三倍以上才有臨床意義。單胎妊娠有參考值：孕21周均值82.3，3 倍值246.9，雙胎應大于493以上才有意義。用測甲胎蛋白值來篩查神經管畸形，孕21周以后一般不做這項檢查。可用B超監測神經管畸形的。
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