5.糞便標本的采集 糞便標本于急性腹瀉期及未使用抗生素之前采取自然排出的糞便，挑選粘液、膿血部分，置無菌容器、保存液或*中?？捎酶亻T拭子。不能立即送檢的標本應放入Cary-Blair*中。
（1）直接涂片檢查
臨床懷疑是霍亂弧菌、結核分枝桿菌感染或菌群失調需要大致估計菌群比例、二重感染（偽膜性腸炎、真菌性或葡萄球菌性腸炎）時進行直接涂片染色檢查。
霍亂弧菌的涂片檢查 取“米泔水”樣糞便或肛門拭子涂片2張，干燥后用乙醇或甲醇固定，分別進行革蘭染色和1：10稀釋石炭酸復紅染色，用油鏡觀察有無革蘭陰性、魚群樣排列的弧菌。另外也可進行懸滴法動力試驗和制動試驗。
菌群失調及菌交替癥 取糞便標本直接涂片，進行革蘭染色油鏡觀察，根據菌群的形態和染色特征可大致描述菌群的情況。疑為偽膜性腸炎的患者標本中如發現大量革蘭陽性呈葡萄狀排列的球菌，則可報告“找到革蘭陽性呈葡萄狀排列的球菌”；如發現革蘭陽性粗大桿菌、無莢膜，通常有位于菌體一端的卵圓形芽胞者，可報告“找到革蘭陽性芽胞桿菌，疑似艱難梭菌”。
結核分枝桿菌 取半個指甲大小糞便塊，與飽和鹽水10~15ml攪和，靜置，1~2h后取zui上層液體作涂片，進行抗酸染色檢查。
（2）分離培養
沙門菌屬和志賀菌屬 直接接種腸道強選擇性培養基（SS瓊脂、木糖賴氨酸去氧膽酸鈉瓊脂）和弱選擇性培養基（如Mac Conkey、EMB、中國藍瓊脂）各1個；攜帶者的檢查，可將糞便標本接種于GN增菌液（適用于沙門菌屬和志賀菌屬）和亞硒酸鹽或四硫磺酸鹽增菌液（適用于沙門菌屬）增菌后轉種于腸道強和弱選擇性培養基上觀察菌落特征。
霍亂弧菌 可疑標本接種于堿性蛋白胨水中進行35℃增菌，同時接種含糖雙洗平板、*瓊脂平板或TCBS瓊脂平板。增菌培養6h后，取增菌液表層菌膜移種于上述平板中進行分離培養，同時取增菌液作革蘭涂片染色和懸滴法動力試驗和制動試驗。
副溶血性弧菌 取可疑糞便（或可疑食物）接種于副溶血性弧菌增菌液中，同時劃線接種于副溶血性弧菌選擇性平板和SS平板上。
腸致病性大腸埃希菌 取可疑糞便標本接種在中國藍平板（或Mac Conkey平板或EMB平板）。
小腸結腸炎耶爾森菌 將可疑標本接種于新耶爾森菌選擇培養基（NYE）、Mac Conkey及SS瓊脂平板。帶菌者可將標本接種于1/15mol/LpH7.4~7.8的PBS中，在4℃進行冷增菌。
空腸彎曲菌 取可疑糞便或在Cary-Bair*中的糞便標本接種于Camp-BAP血瓊脂或Skirrow血瓊脂，或接種于CEM增菌液在微需氧環境下培養18~24小時后接種上述平板，在微需氧環境下培養42~48h。
菌群失調及菌交替癥 要對糞便中的所有菌群進行觀察，將糞便定量接種在腸道選擇性培養基、需氧和厭氧血平板，*鹽瓊脂，沙保弱培養基等，觀察各菌群的生長情況，進行鑒定后報告各菌群比例。懷疑艱難梭菌的菌交替癥時，如為黃色、夾有偽膜的糞便應立即接種CCFA平板，進行厭氧培養。如為綠色、海水樣糞便，應懷疑為*感染，接種*鹽瓊脂，有黃色菌落按葡萄球菌鑒定。如為真菌性腹瀉，常發生在抗生素使用之后，將標本接種在沙保弱培養基及血平板上，進行鑒定。
6.生殖道標本
男性尿道、生殖器分泌物 用無菌棉簽將膿液采集在無菌試管中。由臨床醫師從肛門進行前列腺按摩，收集前列腺液。
女性生殖道標本 直視采集陰道后穹隆分泌物。盆腔膿腫的患者應消毒陰道后從后穹隆穿刺抽取膿液。子宮分泌物的采集采用雙套管的方式插入子宮腔吸取分泌物。
外陰分泌物 對外陰部位的硬下疳,從其潰瘍底部擠出少許組織液，以潔凈玻片直接沾取，加蓋玻片后送檢。
涂片檢查 對一般細菌和淋球菌的檢查用革蘭染色；梅毒螺旋體用暗視野顯微鏡或鍍銀染色法檢查；結核分枝桿菌進行抗酸染色。
培養檢查 一般細菌培養用血平板和Mac Conkey平板各一個；培養淋病奈瑟菌需要巧克力平板或卵黃雙抗平板.
7.膿液、胸腹水及分泌物等其它標本
封閉性膿腫直接穿刺；疑為厭氧菌感染者，應立即將注射器內的空氣排空，將針頭插入橡皮塞中隔絕空氣；開放性膿腫或瘺管從深部采取標本。標本直接涂片革蘭染色發現細菌可以直接報告，然后用血平板接種培養。胸、腹水通過胸腔或腹腔穿刺獲得，注入無菌試管中送檢。
