基因測序技術的高速發展,使得測序成本不斷下降,測序時間不斷減少,這為科學家提供了極大的便利.基因測序的進步可幫助科學家在短時間內快速檢測出病原菌基因組,在有疫情發生時,可以實時分析病原菌類別,為及時的臨床診斷提供依據.
英國劍橋大學等機構的研究人員在《新英格蘭醫學雜志》上報告說,他們利用耐**疫情中留下來的樣本,在實驗室中重新模擬了該病菌不同亞型的傳播情況,并用基因測序技術對這些病菌進行分析.領導這次研究的沙倫•皮科克教授說,利用的基因測序技術,只需要一天左右,就可以從基因層面上分辨出難以區分的耐**亞型.在疫情發生時,不同亞型細菌的傳播情況會不斷變化,使用基因測序技術基本上可以實時跟蹤這種變化,為臨床治療及時提供信息.她還表示,相關技術也應該可以適用于其他病菌引發的疫情,成為一種新的的疫情監測手段.
一個關注的問題是要求在不同的國家或地區,不同時期引起疾病的病原菌間的關系有個可查尋的標準.1998年Maiden等提出多點測序技術（multilocus sequence typing, MLST）,這種技術正是符合這一要求與標準的可以應用網絡來確定和追蹤分離到的病原菌的毒力傳播和抗藥性情況,同時可追蹤相對較長周期內病原菌的流行病學的細菌分型方法.多點測序技術是利用快速測序技術來揭示保守基因的等位基因突變來對病原菌進行分型和鑒定.該技術常選擇微生物染色體上7個左右相距一定距離且基本覆蓋整個染色體的管家基因進行雙向測序,每個不同的基因序列稱作其等位基因,特定的等位基因序列給出一個專門的基因序號,所有7個位點等位基因的序號組成等位基因譜.當分離得到一個性質未知的病原菌時,與等位基因譜比較就可以確定它的來源.
