從高等植物中提取酶常遇到一些實際問題，首先是細胞中含有許多種酶，每種酶的濃度又很低，只占細胞總蛋白質中的極小部分（葉中的雙磷酸核酮糖羧化酶除外），而許多植物組織中蛋白質的含量又很低。此外，各種酶的存在狀態不同，有在細胞外的外酶，在細胞內的內酶，內酶中又有與細胞器一定結構相結合的結合酶，也有的存在于細胞質中，提取時都應區別對待，作不同處理。如果酶僅存在于細胞質中，只要將細胞破碎，酶就會轉移到提取液中；但如果是與細胞器（如細胞壁、細胞核、線粒體、原生質膜、微粒體等）緊密結合的酶，這時如僅僅破碎細胞還不夠，還需要用適當的方法將酶從這些結構上溶解下來。其次，細胞中存在抑制物質，如酚，酸，離子等，它們通常在液泡中，當細胞破碎時，這些物質象蛋白質一樣從細胞中釋放出來，進入提取液中，特別是酚類物質，具有游離的酚羥基，能與蛋白質肽鍵的氧原子形成強的氫鍵，不能為一般的實驗方法，如透析和凝膠過濾所解離。酚易氧化產生醌，醌為一種強氧化劑，會使蛋白質的功能團發生氧化或發生聚合，使蛋白質上的反應基團，如-SH，-NH2，通過1，4-加成反應而發生不可逆的聚合作用，使酶失活，也使植物組織和提取液產生棕色，以致影響酶活性的測定。因此如果沒有特殊需要，一般常選用植物的非綠色部分或者黃化的幼苗，在這些組織中一般酚類化合物含量較低。在提取過程中為了盡量減少酚類的影響，一般提取液常選用高pH值的緩沖溶液，因為在高pH值時，酚類大部游離而不與蛋白質形成強的氫鍵，但高pH值促進酚類氧化，同時降低酚類吸附劑（如PVP）的有效性，通常采用pH6.7梍7.2。已經知道PVP能與游離酚羥基形成強的氫鍵復合物，是酚類化合物的有效結合劑。在提取線粒體時加入可溶性PVP，提取可溶性酶時加入不溶性交聯PVP（Polyvinyl polypyrrolidone，簡稱PVPP，或PolyclarAT），能有效地降低提取液中酚的含量。PVPP含有微量金屬元素及PVP單體，可加10%HCl煮沸10分鐘，用NaOH中和，再用水洗幾次，直至中性，純化后的PVPP不必干燥就可直接應用。
植物細胞有堅韌的細胞壁，需要強烈的方法去破碎，少量樣品可用研缽加石英砂研磨，或用玻璃勻漿器。大量樣品則需用電動勻漿器。為減低研磨或勻漿過程中發熱，所用器皿和溶液需要預冷，提取液的用量一般為組織的1梍5倍，用量大些有利于提高得率，但工作量大，一般寧可用量小些，將殘渣再提取一次。提取勻漿時加入酚類結合劑PVPP，金屬螯合劑Na2-EDTA，以及-SH化合物以保護蛋白質，或加入非離子型去垢劑如TritonXp-100，以增加蛋白質的可溶度，常用于與膜脂結合的酶。總之，可以通過試驗以確定提取蛋白質的*條件。
