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來自Genetech公司(已被羅氏制藥收購)生物信息學與計算機生物學部,以及 Complete Genomics公司等處的研究人員通過比對肺部腫瘤和正常組織中的基因序列,發(fā)現(xiàn)了多個與肺癌相關(guān)的基因突變,這些癌基因的發(fā)現(xiàn)對于未來研究肺癌靶向治療,以及基因突變具有重要的意義。這一研究成果公布在《自然》(Nature)雜志上。
文章的通訊作者是Genetech公司的張澤民(Zemin Zhang,音譯)博士,其早年畢業(yè)于南開大學,之后獲得賓夕法尼亞州立大學博士學位,主要研究興趣是癌癥基因組學,其研究組利用計算機方法嘗試預測疾病基因突變。
每年由于吸煙導致肺癌的病例數(shù)不勝數(shù),在工業(yè)發(fā)達國家如美國等,肺癌的發(fā)病率占常見癌癥的*,為*位癌癥死亡原因。煙草中的致癌物如3,4-苯并芘、煙焦油等的致癌作用是一致*的。
2010年1月,英國劍橋大學韋爾科姆基金會桑格學院的研究人員利用大規(guī)模高通量測序技術(shù),對小細胞肺癌細胞系:NCI-H209進行了測序分析,發(fā)現(xiàn)了與吸煙有關(guān)的突變。他們發(fā)現(xiàn)了22910個候選因子,其中還包括了134個編碼外顯子。
而的這項研究發(fā)現(xiàn)了超過5萬個基因點突變,其中530個得到確認,它們當中392個在編碼區(qū)域,包括以前已知的變異,如KRAS“原致癌基 因”突變和放大。這些數(shù)據(jù)表明,遺傳上復雜的腫瘤可能包含很多部分冗余的突變,而且要識別復發(fā)性致癌“驅(qū)動突變”(driver mutation),將需要對很多尚未測序的樣本進行測序。
完整基因組測序為包括肺癌在內(nèi)的若干種癌癥類型的突變譜提供了線索。在這篇文章中,研究人員從全基因組范圍內(nèi)來觀察突變差異,他們對一名煙齡超 過15年,平均每天吸煙25根的原發(fā)性肺部腫瘤患者進行分析,將這名患者的癌細胞和相鄰正常組織的完整序列進行了比較。發(fā)現(xiàn)了多達5萬個基因突變,這一數(shù) 目非常龐大,過去從未有研究發(fā)現(xiàn)如此多的基因突變。
研究人員認為這可能和患者的煙齡有關(guān),通過這一患者吸煙的數(shù)量和基因突變的比例來看,籠統(tǒng)來說就是每吸三根煙即可能產(chǎn)生一個基因突變。當然具體 的情況更為復雜,但是研究人員也指出,雖然人體的DNA修復機制能部分修復由于吸煙帶來的傷害,但是吸煙時間越長,這種機制功能就越差。
除此之外,研究人員還在這5萬個基因中找到了392個在編碼區(qū)域的突變,包括以前已知的變異,如KRAS原致癌基因突變和放大。這些數(shù)據(jù)表明,遺傳上復雜的腫瘤可能包含很多部分冗余的突變。
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