氯酚及其衍生物是一類非氧化性殺菌滅藻劑，由于分子結構中引入了氯原子，其殺菌滅藻能力被提高。這類化合物都不易降解，對水生生物和哺乳動物都有毒害作用，因此污染問題必須引起足夠的重視。

氯酚類藥劑不宜與陽離子藥劑（如季銨鹽等）共用，但與某些陰離子表面活性劑復合使用時，能夠顯著降低它的用量，并提高殺生效果。

有機胺類殺菌劑廣泛地用來控制冷卻水中的微生物，具有殺菌作用強，能殺死大多數微生物，還有相當良好的滲透能力和分散能力，與大多數水質穩定劑和處理劑中的化學藥劑相容，能在較寬的PH值范圍內使用，以及對魚類等的毒性小，易降解，較少的環境污染等優點。其中季銨鹽應用范圍廣并具有典型性。

季銨鹽的突出特點是它能穿透黏泥和污垢，因此特別適用于產生黏泥和在污泥下滋生厭氣菌的滅殺，5-20mg/L的氯化烷基甲基銨（DBA）就能有效地控制硫酸鹽還原菌的危害。季銨鹽具有分散能力，在使用過程中發泡，能將殺菌時剝離下來的黏泥分散帶出，在旁濾池中過濾除去或隨排污水而帶出。

常用的非氧化性殺菌滅藻劑有以下幾種：雙氯酚、二氧氰基甲烷、異噻唑啉酮、（1227，苯扎氯銨、潔爾滅）、十溴化銨（苯扎溴銨、新潔爾滅）等。