原位雜交技術自創立以來，為基因的定位和表達、基因進化、發育生物學、腫瘤學、微生物學、病理學、醫學遺傳學和遺傳分析等領域研究提供了極其寶貴的資料，發揮了其他技術難以取代的作用。但不論是使用放射性核素探針，還是非放射性探針，大部分研究工作都還限于光鏡水平。為了對檢測的靶核酸進行更的亞細胞定位，以及能觀察含靶核酸序列細胞的超微結構，人們便將原位雜交與電鏡技術相結合，使原位雜交從光鏡水平延伸到電鏡水平。
 
    根據雜交反應是在組織包埋前進行、包埋后進行還是在不經包埋的細胞、染色體整體標本或冷凍超薄切片上進行，電鏡原位雜交技術大體上可分為包埋前、包埋后和不包埋三類。其中以包埋后法制片比較容易，應用較廣泛。
 
    包埋后電鏡原位雜交的特點是雜交反應在電鏡包埋后的超薄切片上進行。這一技術能否成功的關鍵取決于電鏡包埋過程是否能把細胞中的靶核酸保留在它們原來所在的亞細胞結構上。一般認為，常規的包埋劑(疏水性樹脂)不適用于包埋后原位雜交。如環氧樹脂，需要在較高的溫度下(60~C)經48小時才能聚合，長時間的高溫包埋過程會影響組織內核酸的保留，而且樹脂的疏水性也不利于在親水條件下進行的雜交反應。包埋后原位雜交常用的包埋劑都是親水性樹脂，如Lowicryl K4M、比乙二醇甲基丙烯酸酯及LR White等。