處理樣品主要是指對切片作正確的染色。雖然染色的方法基本上有一個規范的程序，但進行圖像分析的時候，根據分析目標對染色方法作適當的優化能讓分析測量更加方便準確。

在免疫組化切片染色時，由于要分析比較染色深淺，所以在制片時就要強調以同樣條件制作所有的組織切片。曾經遇到一位，在染色時，遇到陰性樣品就有意延長一下顯色時間，讓片子黃一點，結果是陰性結果的光密度測量數值與陽性樣品一樣大。

如果要分析細胞核，就得特別注意蘇木青藍染的深淺要適當，一般情況下，淺淺的藍色只能標記出細胞核的位置，明顯的藍色才適合于進行細胞核尺寸的測量或對細胞進行計數。而在進行細胞核上蛋白的免疫組化分析時，過淺的藍染會導致細胞核選擇困難，過深的藍染則會掩蓋免疫組化產物的顏色。

關于熒光免疫組化的染色就更復雜了，單染色的樣品要注意樣品熒光與背景熒光的對比度要足夠高。雙染色的樣品還要注意兩種染料的熒光強度應當適配，不要一種顏色的熒光特別強，另一種特別弱。zui常見的是紅色熒光特別亮，而FITC的綠色卻很弱。結果是在拍攝時綠色的熒光實際上是紅色熒光圖像的綠色分量。

拍攝樣品時影響的因素更多，更容易出錯。

在拍攝大體物品時要特別注意背景與物體之間的對比。在拍攝離體組織器官時，把組織塊放在干凈的白紙或黑紙上以保證組織圖像與背景之間有清晰的分界線，在兩側各用燈光照明以避免留下影子。在缺乏照明條件的時候，也可以選擇在室外背光處拍攝，既有足夠的照明也能避免明顯的陰影。

一般的組織切片只要正確選擇視野并拍攝清楚就行了。而免疫組化的樣品卻額外要注意拍攝時的曝光：以同樣的曝光條件拍攝樣品。特別是熒光，一個對照組的弱熒光樣品，就應該拍攝得光強較弱，陰性的甚至拍攝出一張黑照片。如果有意延長弱樣品的曝光，照片雖然漂亮，但其表現的光密度就與陽性樣的強熒光差不多了。所以在我介紹免疫組化樣品的分析方法之前，都是先強調如何拍攝樣品。

在使用倒置顯微鏡拍攝活細胞的時候，很多人并未注意到在顯微鏡上方的燈光筒下邊有一個長方形可推移的板，上面有三四個大小不一的園孔，這幾個孔的位置是與物鏡的選擇有關的。高倍鏡要使用小孔，低倍鏡用大點的孔。選擇不對的時候，觀察圖像的反差不好。

拍攝彩色照片的時候，相機色彩也是常被忽視的。zui常見的是拍攝的照片色彩偏藍。這對分析免疫組化圖片的影響非常大。偏藍的照片不僅降低了黃色深色的深淺程度，而且會使較淺的黃色變成了白色甚至淺藍色。