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表現：真菌的種類很多，污染的多是曲霉菌，白色念珠菌，酵母菌，黑霉菌，孢子菌等。霉菌污染后多數在培養液中形成淡黃色或是白色的漂浮物，一般肉眼可見，較易被發現，短期內培養液多不變混濁。倒置顯微鏡下可以看見細胞之間有縱橫交錯穿行的絲狀，樹枝狀或管狀菌絲，并漂浮在培養液中。很多菌絲在高倍鏡下可以看見鏈狀排列的菌株。念珠菌及酵母菌菌株呈卵圓形，散在細胞上及細胞周邊生長。有時通過顯微鏡可能會發現在培養瓶外壁生長的菌絲，較易誤認為污染。發現瓶外的菌絲后應及時用酒精擦拭干凈。
處理：首先，需確定污染物是細菌、真菌、支原體，還是酵母。現在你確認是霉菌污染。因此，盡快把污染細胞與其它細胞系隔離開，同時需要對實驗過程中所用的器材和試劑做處理。
一般來說，高濃度的抗生素和抗霉菌素都可能對細胞或細胞系有毒性作用，因而，做劑量反應實驗確定抗生素和抗霉菌素產生毒性的劑量水平。這點在使用抗生素如*和抗霉菌素如泰樂菌素時尤其重要。
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