酵母作為模式生物的作用不僅是在生物信息學方面的作用，酵母也為高等真核生物提供了一個可以檢測的實驗系統。例如，可利用異源基因與酵母基因的功能互補以確證基因的功能。據Bassett的不*統計，到1996年7月15日，至少已發現了71對人類與酵母的互補基因，這些酵母基因可分為六個類型：

(1)20個基因與生物代謝包括生物大分子的合成、呼吸鏈能量代謝以及藥物代謝等有關；

(2)16個基因與基因表達調控相關，包括轉錄、轉錄后加工、翻譯、翻譯后加工和蛋白質運輸等；

(3)1個基因是編碼膜運輸蛋白的；

(4)7個基因與DNA合成、修復有關；

(5)7個基因與信號轉導有關；

(6)17個基因與細胞周期有關?，F在，人們發現有越來越多的人類基因可以補償酵母的突變基因，因而人類與酵母的互補基因的數量已遠遠超過過去的統計。

酵母在發酵工程中的應用

單細胞真核生物的酵母菌具有比較完備的基因表達調控機制和對表達產物的加工修飾能力。釀酒酵母（Saccharomyces.Cerevisiae）在分子遺傳學方面被人們的認識zui早，也是zui先作為外源基因表達的酵母宿主。1981年釀酒酵母表達了*個外源基因----干擾素基因，隨后又有一系列外源基因在該系統得到表達干擾素和胰島素雖然已經利用釀酒酵母大量生產并被廣泛應用，當利用釀酒酵母制備時，實驗室的結果很令人鼓舞，但由實驗室擴展到工業規模時，其產量迅速下降。原因是培養基中維特質粒高拷貝數的選擇壓力消失質粒變得不穩定，拷貝數下降。拷貝數是表達的*因素，因此拷貝數下降，也直接導致外源基因表達量的下降。同時，實驗室用培養基成分復雜且昂貴，當采用工業規模能夠接受的培養基時，導致了產量的下降。為克服釀酒酵母的局限，1983年美國Wegner等人zui先發展了以甲基營養型酵母（methylotrophic yeast）為代表的第二代酵母表達系統。甲基營養型酵母包括：Pichia、Candida等．以Pichia.pastoris（畢赤巴斯德酵母）為宿主的外源基因表達系統近年來發展zui為迅速，應用也。細胞畢赤酵母系統的廣泛應用，原因在于該系統除了具有一般酵母所具有的特點外，還有以下幾個優點：

⑴ 具有醇氧化酶AOX1基因啟動子，這是目前zui強，調控機理zui嚴格的啟動子之一。

⑵ 表達質粒能在基因組的特定位點以單拷貝或多拷貝的形式穩定整合。

⑶ 菌株易于進行高密度發酵，外源蛋白表達量高。

⑷ 畢赤酵母中存在過氧化物酶體，表達的蛋白貯存其中，可免受蛋白酶的降解，而且減少對細胞的毒害作用。