全自動洗板機一般洗滌微滴板的步驟依次為吸干反應液、將洗滌液注滿微滴孔、浸泡一定時間、吸走孔內液，上述步驟重復幾次。如果有未結合物和干擾物未被沖洗干凈，或者沖洗不均勻，就會直接影響檢測結果的準確性和重復性。清洗頭升降單元則在吸液過程中，將清洗頭可靠地降入到微滴孔的適當位置，吸干液體，然后升高。大多數自動洗板機還具有定時搖勻功能，以增強清洗效果。自動洗板機一般用雙頭真空/壓力泵作真空壓力源，在管路上還設置一電磁閥，以實現自動吸液、注液功能。微滴板驅動單三完成走板功能，以實現微滴板的逐排沖洗。所有這些操作都通過微電腦控制，鍵盤和顯示屏完成洗板參數的選擇和輸入。
上海研域新品全自動洗板機的工作原理是將微型空氣壓縮機用于洗板機中，利用空氣壓縮機產生的正負氣壓直接進入洗液瓶和廢液瓶，產生瓶內壓力或真空，從而通過沖洗頭完成吸注液功能，殘液量少，使用安全可靠。已經廣泛地被用于醫院、血站、衛生防疫站、試劑廠、研究室的酶標板清洗工作。