過去十年間，科學家們花費數十億美元完成了人體、土壤和海洋等不同地點的微生物的分類歸總，通過日益的新一代測序技術，我們對這些差別甚大的微生物有了更多的認識，比如說，對細菌核糖體小亞基 16S rRNA 編碼基因進行高通量測序，科學家們能了解樣品中的微生物多樣性。此外還可以選擇鳥*宏基因組學作為互補技術，分析樣品中所有生物的所有基因。這些DNA測序技術十分敏感，也能識別樣品污染和危害樣品處理引發的細微變化。

由于處理和存儲樣品的變化會影響研究結果，因此要想維持在現場收集樣品的完整性也是微生物研究中的一項重大挑戰。即使是微生物菌群zui小的變化或者相對豐度改變，也會*的干擾群體比對，因此儲存方法引起的變化越小越好。以下是The Scientist雜志*的一些樣品保存技巧。

如果只是計劃分析核酸組成，那么選擇更多。就這種類型的研究而言，在儲存樣品前可以將其加入到一種裂解緩沖液中。雖然很少有研究比對不同的低溫凍存保護劑在維持原始樣品多樣性方面的作用，但是目前的證明表明，低溫凍存保護劑會在不同程度上影響不同微生物物種的構成。

關鍵在于選擇一種可靠，并且適合你的研究的方法，同時也要注意到其潛在的誤差。 總的說來，研究人員已經發現加入一種低溫凍存保護有助于人體樣品的保存。Ganz指出，在比較儲存樣品和新鮮樣品中的微生物組成之前，可以采用一種快速的方法，來評估保護劑的作用，那就是檢測一下樣品DNA的量，如果DNA量不足，那么你采用的方法也許并不適用于這種微生物的保存。

Heylen采用了一種混合溶劑：二甲基亞砜（DMSO）與海藻糖，*大豆肉湯（Tryptic Soy Broth， TSB），這能用于保持三種不同微生物組系統冷凍樣品的保真性。海藻糖能防止細胞干燥，TSB也是一種低溫凍存保存劑，專家建議在將這一溶液加入到樣品中之前，先放置到4°C中，然后再與樣品混合，保存到超低溫冰箱里去。如果無法放到−80°C冰箱，那么也可以用家用冰箱，但是樣品要盡可能早的凍存，而且需要加入低溫凍存保護劑。

RNAlaterzui初是作為一種RNA保存劑，現在可以用于保存DNA。RNAlater是特殊的樣品儲存液，只要在采樣后立即將新鮮樣品浸入這種液體試劑，RNlater可以迅速滲透到組織或其他生物樣本中，穩定并保護RNA完整而不被降解，確保下游分析得到的數據真實反應樣品的表達信息。樣品儲存液中保存的新鮮樣品可以在不超過37度的高溫天氣下保存一天，或者在25度室溫下保存一周；或者4度冰箱存放一個月；或者負20度*保存而使RNA保持完整免受降解。這種技術為在不同溫度和不同地點下的采樣、運輸和保存樣品提供了*的方便，同樣適合手術/解剖過程中部分樣品的保存。

人類微生物組計劃(Human Microbiome Project)的參與研究人員，來自哈佛大學的計算生物學家Curtis Huttenhower與他的同事們發現在樣品收集后，如果沒有冰箱，那么可以加入這種保護劑使用。不過一些用戶也報告了RNAlater的缺陷，雖然RNAlater不可燃，因此可以用于樣品運輸，但是這種保護劑會降低Bacteroidetes 和 Ruminococcaceae 兩種細菌新鮮提取后的菌群數量。另外就是如果想獲得樣品高RNA產量，那么就必須先將其去除。RNAlater會妨礙樣品正常形成顆粒沉淀，因此在去除RNAlater之后，還必須磷酸鹽緩沖液進行清洗。

此外，Woods Hole海洋研究所海洋生物化學家Mak Saito也指出，RNAlater還有一個問題，那就是其高鹽含量，因此在一些實驗中會令樣品清洗成為問題。Saito曾采用這種溶液保存海洋微生物組中的蛋白組成。在室溫下，也能在超過8周的時間里穩定地保存糞便樣品中的微生物菌落結構。但是乙醇是可燃的，因此不能用于樣品運輸，還有更重要的是，添加乙醇的低溫凍存保護劑會導致Cyanobacteria比新鮮采集時的樣品，數量增加。“所有這些儲存方法都存在偏差，因此研究過程中需要保證保存方法的一致性，”Ganz說，她的同事就建議她將貓糞便樣品保存70%的乙醇中。