上海交通大學，美國約翰霍普金斯大學的研究人員利用蛋白質組芯片，以大腸桿菌ELISA試劑盒為模型，發現了一種全新的蛋白質去乙酰化酶YcgC，這一研究成果2015年12月30日在eLIFE雜志在線發表。

上海交通大學系統生物醫學研究院陶生策研究員及約翰霍普金斯大學的朱衡教授和Philip A. Cole教授是本文的通訊作者。陶生策教授主要研究方向為蛋白質芯片的構建和應用，構建了世界上*張基于純化蛋白質的肺結核桿分枝桿菌蛋白質芯片，并以蛋白質芯片為平臺在蛋白翻譯后修飾方面進行了系列有影響的工作。

蛋白質是由基因所編碼，蛋白質ELISA試劑盒在其生命周期內往往會被打上不同類型的修飾，而且這些修飾往往也是動態變化的。蛋白質翻譯后修飾會以極其精細的方式影響和調控蛋白質的功能。乙酰化作為一種重要且廣泛存在的蛋白質翻譯后修飾類型，與一系列重要疾病密切相關，影響眾多關鍵的生物學過程。隨著蛋白質組技術的進步，目前已經從低等的大腸桿菌到高等的人等眾多生物的細胞中發現了成千上萬的乙酰化修飾。蛋白質的乙酰化由乙酰轉移酶和去乙酰化酶所調控。對應海量的蛋白質乙酰化修飾，目前已知的乙酰化酶和去乙酰化酶數目非常有限，仍有相當數目的新酶有待發現，一個關鍵問題是"如何實現乙酰化相關酶的發現？"。針對這一問題，本文作者發展了一套稱之為"Clip-chip"的技術，在大腸桿菌蛋白質組芯片的基礎上，進行了全局性蛋白質去乙酰化酶的發現，發現了一種新的去乙酰化酶YcgC。該酶能夠非常地去除底物蛋白RutR賴氨酸52位和賴氨酸62位的乙酰化。已知的蛋白質去乙酰化酶的活性依賴于NAD+或者Zn2+，但YcgC的去乙酰化活性并不依賴于以上兩者。進一步的功能實驗表明，YcgC通過去乙酰化影響RutR的轉錄調控活性。在實驗中作者還發現RutR具有蛋白酶活性，YcgC通過去乙酰化能夠調節RutR的蛋白酶活性。作者比較了YcgC與大腸桿菌中*的去乙酰化酶CobB對大腸桿菌表達譜的影響，結果表明，兩者既有相似點，也有較大的不同，提示YcgC的底物譜與CobB的可能有較大的不同。通過全基因合成，作者獲得了來源于多個其它細菌的大腸桿菌YcgC的同源基因ELISA試劑盒克隆，表達測試表明這些克隆所表達的蛋白均具有蛋白質去乙酰化酶活性。

本研究所發現的YcgC可能代表一個全新的蛋白質去乙酰化酶家族。同時本研究中所發展的Clip-Chip技術具有通用性，可方便地移植于其它酶的發現中。