免疫細胞化學結果的判斷，對免疫細胞化學結果的判斷應持科學的慎重態度，要準確判斷陽性和陰性，排除假陽性和假陰性結果，必須嚴格對照實驗，對新發現的陽性結果，除有對照試驗結果之外，應進行多次重復實驗，要求用幾種方法進行驗證，如用PAP法陽性，可再用ABC法驗證。必須學會判斷特異性染色和非特異性染色，對初學者更為重要，否則會得出不科學的結論。特異性染色與非特異性染色的鑒別點主要在于特異性反應產物常分布于特定的部位，如胞漿內，也有分布在細胞核和細胞表面的，即具有結構性。特異性染色表現為在同一切片上呈現不同程度的陽性染色結果。非特異性染色表現為無一定的分布規律，常為某一部位成片的均勻著色，細胞和周圍的結締組織均無區別的著色，或結締組織呈現很強的染色。非特異性染色常出現在干燥切片的邊緣，有刀痕或組織折疊的部位。在過大的組織塊，中心固定不良也會導致非特異性染色。有時可見非特異性染色和特異性染色同時存在，由于過強的非特異性染色背景不但影響對特異性染色結果的觀察和記錄，而且令人對其特異性結果產生懷疑。
（一）陽性細胞的染色特征
免疫細胞化學的呈色深淺可反映抗原存在的數量，可作為定性、定位和定量的依據。
（1）陽性細胞染色分布有三種類型：①胞漿；②細胞核；③細胞膜表面。大部分抗原見于細胞漿，可見于整個胞漿或部分胞漿。
（2）陽性細胞分布可分為煙性和彌漫性。
（3）由于細胞內含抗原量的不同，所以染色強度不一。如果細胞之間染色強度相同，常提示其反應為非特異性。
（4）陽性細胞染色定位于細胞，且與陰性細胞相互交雜分布；而非特異性染色常不限于單個細胞，而是累及一片細胞。
（5）切片邊緣、刀痕或皺折區域，壞死或擠壓的細胞區，膠原結締組織等，常表現為相同的陽性染色強度，不能用于判斷陽性。
（二）染色失敗的幾種原因
（1）所染的全部切片均為陰性結果：包括陽性對照在內，全部呈陰性反應，原因可能是：①染色未嚴格按操作步驟進行；②漏加一種抗體，或抗體失效；③緩沖液內含*，抑制了酶的活性；④底物中所加H2O2量少或失效；⑤復染或脫水劑使用不當。
（2）所有切片均呈弱陽性反應：①切片在染色過程中抗體過濃，或干燥了；②緩沖液配制中未加氯化鈉和pH值不準確，洗滌不*；③使用已變色的呈色底物溶液，或呈色反應時間過長；④抗體溫育的時間過長；⑤H2O2濃度過高，呈色速度過快；⑥粘附劑太厚。
（3）所有切片背景過深；①未用酶消化處理切片；②切片或涂片過厚；③漂洗不夠；④底物呈色反應過久；⑤蛋白質封閉不夠或所用血清溶血；⑥使用全血清抗體稀釋不夠。
（4）陽性對照染色良好，檢測的陽性標本呈陰性反應，固定和處理不當是zui常見的原因。
對于陽性結果的定量判斷常規方法是根據呈色深淺和陽性細胞數量分類計數，以（-）、+、++、+++等分級和計數統計。現在已采用圖象分析計量，本書第九章 將詳細敘述這種使免疫細胞化學的定量成為可能的*的形態定量方法。另外，第十章 將詳細途述另一種*的免疫細胞化學計量分類術－流式細胞光度計技術。