關聯研究組蛋白修飾和甲基化的新技術

DNA甲基化、染色質修飾和DNA序列之間的復雜關系似乎很難用現有的技術來闡明。于是，兩個獨立的研究小組將亞硫酸氫鹽測序與染色質免疫沉淀（ChIP）結合起來，直接拷問遺傳學和表觀遺傳學過程。

在這兩項研究中，澳大利亞悉尼嘉萬研究所（Garvan Institute）的Sue Clark及其同事以及荷蘭內梅亨大學（Radboud University）的Hendrik Stunnenberg及其同事對染色質免疫沉淀且經過亞硫酸氫鹽處理的DNA進行測序。利用相同的DNA來評估胞嘧啶和組蛋白標記，從而克服了不同批次細胞之間的異質性問題，并能對標記之間的相互作用作出更直接的評估。通過ChIP來靶定基因組的特定區域，也能避免全基因組亞硫酸氫鹽測序帶來的高額費用。

為了讓這種方法行之有效，研究小組需要優化他們的亞硫酸氫鹽處理步驟，以便接受免疫沉淀所產生的少量DNA。Clark談道：“主要的改進是讓亞硫酸氫鹽處理沒那么劇烈，并能處理75到100 ng DNA。”他們的方法很相似，并使得幾乎100%的未修飾胞嘧啶發生轉化。

兩個小組都利用這種技術研究了組蛋白H3第27位賴氨酸上*基化（H3K27me3）與DNA甲基化之間的串擾（cross-talk）。過去的研究表明，這兩種標記在CpG島上是互相排斥的。一種理論假設，DNA甲基化是一種更為*的標記，它取代了干細胞分化期間的H3K27me3。Stunnenberg小組的研究結果證實了這種對抗，而Clark小組則認為DNA甲基化和H3K27me3并不總是相互排斥，可以基因組區域依賴的方式共存。他們采用了不同的細胞系，這可能解釋了他們的不同結果。

據Clark 介紹，BisChiP-seq方法可與富集目標DNA的任何方法共同使用，且結果是鏈特異的，提供了等位基因的分辨率。Clark下一步考慮研究其他組蛋白標記及基因組結合因子，以便了解它們與DNA甲基化組的直接關系。